Mais le phénomène le plus à craindre est la marée de tempête qui accompagne le cyclone. Celle-ci va entrainer une élévation anormale du niveau de la mer, susceptible de provoquer des inondations dans les zone directement impactées par le coeur d'Amphan. Elle pourrait atteindre dans l'État du Bengal Occidental 4 à 5m sur les Districts de 24 Parganas Nord et Sud, 3 à 4m dans l'Est du District de Medinipur.

Prévision du niveau de marée de tempête - IMD
La région qui sera frappée est particulièrement peuplée et exposée au risque d'inondation. Des opérations d'évacuation sont menées pour éloigner le maximum de population des régions côtières susceptibles d'être inondées lors de l'impact. À noter que l'épidémie de covid-19 complique l'évacuation, les autorités devant en même temps faire respecter les règles de distanciation sociale.